安徽省水利厅职工医院前身是省水利电力厅医院，始建于1958年。1962年，省水利电力厅分为省水利厅和省电力局2个机构，医院划归安徽省人民医院，留下部分人员组建成省水利厅医疗所，设床位40张。
1978年8月扩建成职工医院，编制床位50张，定编70人。1983年，医院改为县级建制，编制床位100张，定编140人，建成5000﹐医院大楼，开设内科、外科、干部病房3个病区，开放床位68张。1985年增设妇产科病区，开放床位100张。1987年10月，经省编委批准，又增加10张床位计110张病床，编制按1：1.5比例，定编165人。
2002年，安徽省水利厅职工医院设有政秘科、医务医保科、护理部、财务科、总务科、经管科、门诊部和预防保健科等8个职能科室。临床科室有内科、外科、妇产科、手术室。
医技科室有：药械科、检验科、放射科、功能科、五官科、口腔科、急诊科、理疗推拿科、中医科、儿科、供应室。
安徽省水利厅职工医院现有在职职工140人，其中干部129人，工人11人。离退休职工55人。在职职工中，各类专业技术人员125人，其中卫生专业技术人员110人。各类专业技术人员中具有高级技术职务的21人，中级职称72人，初级职称26人；学历构成为：硕士学历1人，本科学历34人，大专学历52人，中专学历42人；年龄结构为：35岁以下38人，36－45岁51人，46－54岁43人，55岁以上8人。
2002年共收治住院病人1871人次，门诊量38645人次，开展各类手术843例。全年完成总收入982.6万元，其中业务收入772万元，省水利厅下拨事业费补助210.6万元。在业务收入中：医疗收入383万元，药品收入310万元，三产和其他收入79万元。业务收入比上年增加90万元。2002年共支出975万元，收支基本持平，完成了省水利厅下达的经济目标。2002年底，该院固定资产总量为1351万元。
2002年3月，省水利厅职工医院对门诊和住院部大楼实施了内部装修，装修后的医院大楼焕然一新，改善了病人的就医环境。该院还添置了呼吸机1台，全自动系列生化仪1台，监护仪2台。购买了49台空调和30张全不锈钢床。从多方面改善了病人的就医条件，提升了医院的整体形象。
随着医药卫生体制和医疗保险制度改革的不断深化，医院从2002年10月着手准备，在广泛调研的基础上形成了《安徽省水利厅医院第三轮人事分配制度改革实施意见》，并多次组织全院职工进行讨论。该《意见》已经过讨论、修改、完善后报省水利厅。
在9月份举行的省水利厅第二届运动会上，该院参赛运动员奋力拼搏，取得了乒乓球团体冠军、男单冠军、女单亚军和女子跳绳亚军的好成绩。